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美國檢測試劑無(wú)效,核酸試劑到底有多復雜?
  • 發(fā)布日期:2021-01-18      瀏覽次數:1224
    • 近期刷屏的XG疫情新聞里,核酸試劑是一個(gè)高頻詞。許多剛開(kāi)始爆發(fā)疫情的國家的XGBD核酸試劑儲備不足。比如,我國近期向缺乏XGBD核酸試劑的日本國立傳染病研究所NIID)捐贈了12500套核酸試劑。

       

      而美國匆忙上馬的XGBD核酸試劑卻被證明是一堆廢品。在今年2月12號和26號的新聞發(fā)布會(huì )上,美國疾病控制與預防中心(CDC )承認由于一個(gè)成分出錯,*給美國國內外的公共衛生實(shí)驗室分發(fā)的400份試劑給出了不準確的測試結果,是無(wú)效的。于是乎,CDC只能重新研發(fā)新的新/冠/肺/炎檢測試劑。2月26號的新聞發(fā)布會(huì )上,美國CDC的發(fā)言人承認其開(kāi)發(fā)的XGBD核酸試劑存在問(wèn)題,并開(kāi)始研發(fā)新的試劑。那么,這個(gè)核酸試劑到底是什么怎么難研發(fā)呢?病毒檢測又是怎么做的呢?

      實(shí)際上,XGBDSARS-CoV-2的檢測采用的是一種應用非常廣泛的核酸檢測手段、被稱(chēng)為金標準的即時(shí)聚合酶鏈式反應(qPCR)。

       

      RT PCR技術(shù)經(jīng)常被用來(lái)檢測HIV病毒、乙肝病毒等病原體。RT PCR 的主要工作原理就是通過(guò)只對特定病毒有效的試劑制造大量的病毒核酸鏡像,從而檢測這種病毒是否出現在樣本,比如病人的鼻涕里。

       

      我們先來(lái)看看RT PCR的具體過(guò)程吧。

       

       

      首先,先用高溫把病毒的雙鏈DNA拆成2根單鏈,拆開(kāi)的目的就是為了制造它的鏡像。當然,有些病毒(如HIV病毒和新/型/冠/狀病毒)的遺傳物質(zhì)不是DNA,而是RNA,也就是說(shuō)它只有一條鏈。那么在做的時(shí)候稍微麻煩一點(diǎn),要先把它變成雙鏈的,然后再拆開(kāi)來(lái)。

       

      引物和單鏈DNA結合

       

      接著(zhù)就要開(kāi)始制造鏡像了。制造的時(shí)候,要先定個(gè)地標,然后才能開(kāi)始作業(yè)。這個(gè)地標就是引物,也就是一小段單鏈 DNA,它會(huì )和病毒核酸的特定部位,比如某個(gè)基因開(kāi)頭的地方結合。

       

      地標定好了,就可以開(kāi)始正式的鏡像復制黏貼了。復制的過(guò)程,靠的是一種叫做 Taq聚合酶 的蛋白質(zhì),我們就叫它小T吧。

       

      Taq聚合酶來(lái)自生活在溫泉里的海棲熱袍菌

       

      T賊強賊好用,50攝氏度的高溫都不會(huì )熟(變性),因為它來(lái)自生活在溫泉和深海熱泉里的海棲熱袍菌。換別的蛋白質(zhì),在 PCR 機器的高溫里烘一會(huì )兒就涼了。咦?

       

      Taq聚合酶(黃色)生產(chǎn)擴增子(白色)

       

      T只認地標,見(jiàn)到地標才開(kāi)工。找到作為地標的引物后,小T和溜達雞似得順著(zhù)它一路往下走,就復制出了一段病毒核酸的鏡像,這個(gè)鏡像就叫做擴增子。

       

      如果能檢測出擴增子,就能證明出現了我們要找的病毒基因。現在問(wèn)題來(lái)了,DNA 和 RNA 那么小,我們怎么知道有沒(méi)有產(chǎn)生足夠多的擴增子呢?

       

      這時(shí)候就要加入熒光探針,也就是一小段能夠發(fā)出熒光的特殊單鏈 DNA 來(lái)檢測了。

       

      熒光探針一端有個(gè)會(huì )發(fā)熒光的分子,另一端則會(huì )把熒光吃掉。

       

      熒光探針這個(gè)東西很神奇,它的一端有一個(gè)會(huì )發(fā)出熒光的分子R(報告熒光基團),另一端有一個(gè)吸收熒光的分子Q(淬滅熒光基團)。

       

      R和Q它倆是一對在一起就要吵架的冤家,只要R發(fā)光,Q就會(huì )把它的光吸收掉。但是它倆要是分開(kāi),R發(fā)出的光就不會(huì )被吸收掉,我們就可以看到它亮了。

       

      熒光探針檢測擴增子就是利用R和Q分分合合的原理。當路標,也就是引物和病毒核酸結合的時(shí)候,探針也會(huì )到引物后面的某段特定DNA,比如某個(gè)基因上乖乖躺好

       

      引物(左)和熒光探針(右)可以和病毒單鏈核酸的特定位置結合

       

      我們剛才說(shuō)過(guò),小T會(huì )沿著(zhù)引物一邊溜達一邊修路,制造出病毒核酸的鏡像。不過(guò),小T不僅是修路專(zhuān)家,還是拆彈專(zhuān)家,它會(huì )把粘在路上的探針拆散架。

       

       

      遇到小T后,熒光探針就 BONG 炸了,R和Q就果斷分手了。分手后,重獲自由的R渾身上下開(kāi)始散發(fā)出單身才有的光彩,就可以被探測儀檢測到了。所以,如果檢測到了熒光,就說(shuō)明檢測到了目標病毒核酸啦。

       

      S型的擴增曲線(xiàn)代表檢測出了病毒。如果是平直的擴增曲線(xiàn),則代表沒(méi)有檢測出病毒。

       

      這里的路標(引物)、修路專(zhuān)家小T、熒光探針,還有一些催化劑就是傳說(shuō)中的病毒核酸試劑了。在檢測的時(shí)候,只要把病毒樣本和試劑混合,放到 RT PCR 機器里去跑,就可以得出病人有沒(méi)有被病毒感染的結果了。

       

       

      檢測不同的病毒需要不同的引物和探針,但是XGBD檢測試劑還沒(méi)有統一的引物和探針,尚處于研發(fā)探索階段。

       

      比如,香港大學(xué)的一個(gè)團隊瞄準的是冠狀病毒大家族下的一支,也就是 Sarbecovirus 亞屬的基因ORF1b 和 N 基因)。而世界衛生組織給159個(gè)實(shí)驗室派發(fā)的檢測試劑的檢測目標是能夠區分非典的 SARS-CoV 病毒和XGBD的基因(檢測的是RdRP基因、N基因和E基因)。

       

      國內早一批參與病毒試劑生產(chǎn)研發(fā)的上海之江生物生產(chǎn)的試劑盒,該試劑檢測的是冠狀病毒的3個(gè)典型基因(ORF1ab、N基因和E基因)。

       

      需要注意的是,上面只是核酸檢測的理論,實(shí)操其實(shí)更加復雜,能出錯的地方很多。今年2月19日發(fā)表在 Nature Biotechnology 上的一篇文章指出,雖然 PCR 技術(shù)本身很可靠,但是如果操作不當,就有可能給出假陰性的結果。

       

      比如,做檢測的試劑要放在零下20攝氏度的冰箱里,防止試劑中的蛋白質(zhì)分解。

       

       

      用的時(shí)候,大部分試劑是放在冰上解凍的。但是小T在使用前一直要保持零下20攝氏度的狀態(tài)。另外,熒光探針不能見(jiàn)光,所以要避光儲存。

       

       

      你看,試劑的作用原理和檢測操作,試劑和病毒樣本的保存條件如此嚴苛,即使在發(fā)達國家,也只有少數實(shí)驗室有能力進(jìn)行檢測。 比如在本周二,美國 CDC 的國家免疫與呼吸道疾病中心主任 Nancy Messonnier 表示,目前全美只有12個(gè)檢測部門(mén)有能力檢測XGBD。

       

      當然,影響核酸檢測結果的還有試劑以及實(shí)驗操作以外的因素。

       

      為新加坡政府制造了XGBD檢測試劑,并且給中國供應了1萬(wàn)份試劑的新加坡生物醫學(xué)研究與開(kāi)發(fā)中心啟奧城BIOPOLIS)的試劑研發(fā)團隊領(lǐng)導 Sidney Lee 表示, XGBD核酸試劑測不準的問(wèn)題還和病人接受檢測的時(shí)機以及病毒樣本運輸條件有關(guān)。

       

      比如,由于 SARS-CoV-2 主要感染肺部,因此初期患者的咽拭子可能無(wú)法截取足夠多的病毒。其次,如果病毒脫離人體太久,或運輸儲存條件不當,那么病毒核酸可能會(huì )分解,這也會(huì )降低能夠檢測出來(lái)的病毒數量。

       

       

      由于病毒核酸試劑檢測結果不穩定等因素,我國在2月8日公布了XG的確診標準,不再只依賴(lài)核酸檢測。

       

       

      而在2月14日,鐘南山領(lǐng)導的呼吸疾病國家重點(diǎn)實(shí)驗室推出了一種擺脫了病毒核酸檢測的新的檢測方法——XGBD IgM 抗體快速檢測試劑盒。

       

      抗體試劑不檢測病毒核酸,而檢測病人體內有沒(méi)有出現抗體。鐘南山團隊的抗體試劑有望在15分鐘內快速篩查XG病人,為挽救更多人的生命爭取寶貴的時(shí)間。另?yè)犊茖W(xué)》在2月27號的報道,新加坡已經(jīng)開(kāi)始采用杜克-新加坡國立大學(xué)醫學(xué)院研發(fā)的抗體檢測試劑篩查患者。

       

      在這場(chǎng)大考中,希望我國交卷離開(kāi)考場(chǎng),順便給曾經(jīng)的學(xué)霸們遞個(gè)小抄。

       

      本文轉載自GZH“把科學(xué)帶回家”(ID:steamfor/k/ids)

      撰文:七君

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